A área onde se situa a cidade de Sirinhaém começou a ser povoada em princípios do século XVII. Em 1614 seus habitantes edificaram, sobre um rochedo, uma capelinha dedicada a São Roque. Em 20 de janeiro de 1620 foi assentada a pedra de uma igreja sob a invocação de Nossa Senhora da Conceição, que, com o auxílio de todos os senhores de engenho da região, começou a funcionar em 1621. Nesse mesmo ano foi elevada à categoria de freguesia pelo então bispo do Brasil, D. Marcos de Noronha; seu primeiro vigário, o padre Simão Pita Calheiros, inaugurou-a provisoriamente na capela do Engenho Palma, tendo exercido suas funções no período de 1622 a 1629. Essa igreja foi reconstruída em 1883.

Em 19 de junho de 1627 o 4º donatário da capitania, Duarte de Albuquerque Coelho, lhe deu a graduação de vila, com a declaração de “muito nobre e sempre leal vila de Serinhãem”, que foi instalada em 1º de julho do mesmo ano, pelo ouvidor Dr. Diogo Bernardes Pimenta, com a denominação de Vila Formosa de Serinhãem. Por provisão de 17 de dezembro de 1629, Matias de Albuquerque, irmão e procurador do então donatário, concedeu à vila “todo o terreno, desde o rio Pirassinunga, ao sul, até o rio Maracahype, com 14 léguas de costa e outras tantas, pelo oceano ao interior”.

O distrito de Serinhãem foi criado por Alvará de 26 de junho de 1759. Tornou-se município autônomo em 05 de janeiro de 1893, de acordo com as disposições gerais da Lei Estadual nº 52 (Lei Orgânica dos Municípios), de 03 de agosto de 1892. Seu primeiro prefeito foi o tenente-coronel Luiz Cavalcanti de Albuquerque Uchoa. Em 29 de março de 1894 Serinhãem tornou-se independente da comarca de Rio Formoso, por ato do governo estadual, e, em 05 de abril do mesmo ano, teve a sua organização judiciária. O foro foi inaugurado pelo seu primeiro juiz de direito, Dr. Argemiro Martiniano da Cunha Galvão. Pela Lei Estadual nº 100, de 12 de junho de 1895, a vila foi elevada à categoria de cidade e sede do município, com a denominação de Serinhãem, palavra de origem tupi que significa “bacia ou viveiro de siris”.

Em 30 de dezembro de 1907, através de lei municipal, foi criado em Serinhãem o distrito de Cucaú. A comarca de Serinhãem foi extinta em 15 de abril de 1909, pela Lei Estadual nº 946, que a transferiu para a cidade de Rio Formoso, passando à categoria de termo dessa nova comarca. Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município aparece constituído de três distritos: Serinhãem, Cucaú e Pau Branco. A Lei Estadual nº 1.316, de 10 de junho de 1916, restaurou a comarca de Serinhãem, com sede na cidade de mesmo nome. O distrito de Cucaú foi desmembrado de Serinhãem e anexado a Rio Formoso em 16 de maio de 1919, pela Lei Estadual nº 1.365. A Lei Municipal nº 70, de 27 de maio de 1920, criou mais um distrito, o de Barra de Serinhãem.

Em consequência do Decreto-lei Estadual nº 116, de 21 de maio de 1938, a comarca de Serinhãem foi extinta e passou a constituir termo da comarca de Barreiros, juntamente com o termo de Rio Formoso. Em 09 de dezembro do mesmo ano o Decreto-lei Estadual nº 235 alterou a grafia do topônimo para Sirinhaém; pelo mesmo decreto o distrito de Pau Branco passou a denominar-se Ibiratinga. No quadro fixado para vigorar no período de 1944-48 o município aparece com três distritos: Sirinhaém, Barra de Sirinhaém e Ibiratinga. O Decreto-lei Estadual nº 1.116, de 14 de fevereiro de 1945, que deu execução ao Decreto-lei Federal nº 7.300, do dia 06 do mesmo mês e ano, restabeleceu a comarca de Sirinhaém, em 2ª entrância. Em 05 de agosto de 1969 a comarca foi classificada em 1ª entrância pelo Decreto-lei Estadual nº 61.