O Recife começou a ser habitado mais ou menos em 1548, quando alguns pescadores e homens do mar se estabeleceram na estreita faixa de terra que vinha de Olinda e se alargava para o sul. Três armazéns haviam sido construídos no porto, a fim de recolher açúcar e receber as mercadorias que vinham por via marítima. A carta Foral de Olinda, enviada à Coroa portuguesa pelo donatário da capitania de Pernambuco, Duarte Coelho Pereira, em 12 de março de 1537, já fazia uma referência a esse povoado, erguido em torno da ermida de São Frei Pedro Gonçalves. Esse santo, patrono dos navegantes, era muitas vezes invocado durante as tempestades. Mas a ermida também era conhecida por Santelmo ou de São Telmo, porque os marinheiros acreditavam na proteção desse santo no fenômeno de eletricidade chamado “santelmo”, ou “fogo-de-santelmo”, que consiste em chamas azuladas que aparecem às vezes no topo dos mastros dos navios, durante as tormentas marítimas.

A Vila de Olinda não possuía porto em virtude das dificuldades naturais que impediam o acesso dos navios; servia-se, então, do porto do Recife, formado por arrecifes de arenito que constituíam uma espécie de porto natural. Assim, o povoado se formou em função do velho ancoradouro, no largo canal situado entre os arrecifes de arenito e a península, onde se misturavam as águas do mar e as dos dois rios – o Capibaribe e o Beberibe. Três pequenos fortes foram construídos para a defesa do nascente povoado: o do Mar, o de São Jorge e o do Bom Jesus. Em 1561 o Recife sofreu um ataque dos franceses que haviam sido expulsos do Rio de Janeiro por Mem de Sá. Duarte de Albuquerque Coelho (segundo donatário da capitania, filho de Duarte Coelho Pereira) investiu com valentia contra os invasores, obrigando-os a reembarcar imediatamente.

Em março de 1595 o Recife sofreu novo ataque, dessa vez por James Lancaster, pirata inglês, que aqui permaneceu mais de um mês, saqueando tudo, até as alfaias da capela. Nessa época, o povoado ainda se apresentava em estado muito rudimentar e dependia da sede da capitania, a Vila de Olinda, local de moradia da aristocracia do açúcar. A parte continental propriamente dita era quase desabitada, não existindo pontes. Arrecife é a forma antiga do vocábulo recife, ambos originários do árabe ár-raçif, que significa “calçada, caminho pavimentado, linha de escolhos, dique, paredão, cais, molhe”. Em sua forma arcaica, “arracefe”, o vocábulo já era utilizado em 1258, segundo registra o dicionarista José Pedro Machado. Assim, o topônimo da atual cidade do Recife resulta do acidente geográfico, cuja designação é registrada pela primeira vez no Diário de Pero Lopes de Souza, que denominou o seu porto natural de “Barra dos Arrecifes” (1532), e no chamado Foral de Olinda (1537), no qual o primeiro donatário, Duarte Coelho Pereira, nomeia-o “ribeiro do mar dos Arrecifes dos Navios”. No mapa do cartógrafo João Teixeira Albernaz (1618) o local encontra-se registrado como “Lugar do Recife”, menção certa aos primórdios da antiga povoação, depois chamada Vila de Santo Antônio do Recife (1709) e, finalmente, cidade do Recife (1823).

Em 1606 foi inaugurado um mosteiro na ilha de Antônio Vaz, fundado pelos padres Observantes Reformados da província de Santo Antônio. Daí por diante a ilha passou a denominar-se Santo Antônio, atual bairro do mesmo nome. Em fevereiro de 1630, quando a povoação já se estendera até a ilha dos Navios, na confluência dos dois rios, houve a grande invasão holandesa empreendida por uma esquadra composta de 56 navios, da Companhia das Índias Ocidentais, comandada por Henry Cornell Lonk. Apesar dos esforços do governador de Pernambuco, Matias de Albuquerque, em repelir os invasores, o coronel Teodoro Weerdenburgh conseguiu desembarcar 3.000 homens em Pau Amarelo, avançando em seguida contra Olinda, que foi ocupada, sendo incendiada no ano seguinte. Em 1635 Matias de Albuquerque foi obrigado a render-se, vencida a sua guarnição pela fome, sitiada pelo general Arcizewski, polaco a serviço da Holanda.

Em 23 de janeiro de 1637, aporta ao Recife o conde João Maurício de Nassau, futuro príncipe de Orange, que viera na qualidade de governador-geral, capitão e almirante de terra-e-mar do Brasil holandês. Estabeleceu-se na ilha de Santo Antônio onde, em 1639, fundou a cidade que, em sua honra, foi chamada Mauritzstadt (cidade Maurícia). Em 14 de novembro desse ano Recife tornou-se capital do Brasil holandês, com a decisão que transferiu a Câmara de Escabinos de Olinda para a ilha de Antônio Vaz. O conde Maurício de Nassau dedicou-se inteiramente à sua obra administrativa e renovadora, fazendo do Recife uma das mais importantes cidades da costa atlântica da América, naquela época. Graças à sua visão desenvolvimentista surgiram pontes, aterros, jardins, fortificações e até um observatório. Dois grandes palácios foram construídos, situados nos locais onde hoje se encontram o Palácio do Governo e o Convento do Carmo. O primeiro chamava-se Vrijburg (Friburgo) e o segundo, Boa Vista, usado como residência.

Em 1644 Maurício de Nassau regressou à Europa, passando o governo a um Conselho Supremo, composto de três membros. Em 23 de janeiro de 1654, após 24 anos de ocupação e depois de perderem várias batalhas, os holandeses propõem a capitulação, cujos termos foram acertados pelos beligerantes, reunidos na Campina do Taborda. Nesse mesmo ano foi criada a freguesia de São Frei Pedro Gonçalves, cujo primeiro vigário foi o padre Manoel Dias de Carvalho. Durante a sua permanência, os holandeses adaptaram várias igrejas ao culto reformado luterano (Igreja Reformada Holandesa), tanto na capital quanto no interior. Dentre esses templos destacam-se o Convento de São Francisco (na cidade Maurícia) e a do Corpo Santo (no Recife). Todos possuíam os seus cemitérios. A mais importante dessas igrejas foi a do Corpo Santo, que aparece sempre referida como “a igreja”, em todos os documentos da época. Esse templo fora construído no local onde antes se erguia a ermida de Santelmo. Nela foram sepultadas as pessoas mais importantes dessa época, falecidas em Pernambuco, dentre as quais se destaca João Ernesto (irmão mais novo de Maurício de Nassau), falecido em 1639.

Após a expulsão dos holandeses a povoação do Recife entrou em período de intenso desenvolvimento, consolidado como centro de negócios e residências, e passou a concorrer em importância social e política com Olinda, capital de direito. Data dessa época (século XVII) a construção de sobrados portugueses com influência holandesa, altos e estreitos, com dois, três e até quatro pavimentos. Enquanto em Olinda residiam os senhores de engenho, os nobres da terra, a maior parte dos habitantes do Recife era constituída por comerciantes portugueses que realizavam intensas trocas comerciais através de seu porto, cuja posição privilegiada em relação ao país e à Europa tornou-o um dos mais movimentados do mundo. Em 1673 foi fundada a Casa da Moeda, na então rua Maria Rodrigues (atual rua da Moeda); posteriormente foi transferida para o Rio de Janeiro. Enquanto o Recife prosperava, crescendo também em população e tornando-se superior a Olinda, mais de uma vez os seus moradores solicitaram que o mesmo recebesse as honras de vila, petição sempre ignorada. Só muito posteriormente é que o povoado foi elevado à categoria de vila, por carta régia de D. João V, de 19 de novembro de 1709. Porém, a data considerada como aniversário da cidade, ou de sua fundação, de acordo com o art. 176 da Lei Orgânica do Município, é 12 de março de 1537 (data do Foral de Olinda).

Em decorrência desse fato, logo se estabeleceu grande rivalidade entre Olinda e Recife, cujo desfecho vem a ser o conflito que passou à história com a denominação de Guerra dos Mascates. Os nobres de Olinda se rebelaram contra os portugueses do Recife (a quem chamavam de mascates), em virtude de os mesmos haverem alcançado para a sua povoação a categoria de vila, com a instalação do pelourinho no cais, em 15 de fevereiro de 1710. Mas o funcionamento dessa primeira legislatura foi muito curto. Os nativistas olindenses se armam e, em grande número, resolvem atacar a vila do Recife. Conseguem o seu intento, expulsando o governador português e demolindo o pelourinho recém-erguido. A 10 de novembro do mesmo ano os rebeldes se reúnem no Senado, em Olinda, convocados para solucionar a questão. A essa reunião compareceu o sargento-mor Bernardo Vieira de Melo, que propôs a instauração de uma República na capitania, a primeira tentativa de implantação do regime republicano no Brasil. Essa situação perdurou até 18 de junho de 1711, quando os recifenses se rebelaram e enfrentaram os agressores num combate armado que durou cerca de quatro meses. Até que chegou ao Recife o novo governador de Pernambuco, Félix José Machado. Sufocada a rebelião pelos portugueses, a ordem foi restabelecida com a prisão dos chefes do movimento. Só então o pelourinho foi reconstituído, em 18 de novembro de 1711, sendo instalado no pátio (ou largo) do Corpo Santo, em frente à igreja de mesmo nome.

O distrito do Recife foi criado por Alvará de 20 de março de 1772. Em 25 de agosto de 1789 um Alvará expedido pela rainha D. Maria I criou a freguesia de Santo Antônio, separando-a da de S. Frei Pedro Gonçalves de Recife. Em 21 de maio de 1805, através de carta régia, foi criada a freguesia de N. Senhora da Boa Vista. Por Alvará de 30 de maio de 1815 a Vila do Recife tornou-se cabeça da comarca de Pernambuco. Em 06 de fevereiro de 1821 um Alvará com força de lei criou o Tribunal de Relação na Vila do Recife, o qual foi instalado em 13 de agosto de 1822. Em 05 de dezembro de 1823, através de carta imperial, a Vila do Recife recebeu foros de cidade. No ano seguinte rebentou a Confederação do Equador, de caráter republicano. O chefe do movimento foi Manuel de Carvalho Pais de Andrade. Para reprimir os revoltosos o governo imperial mandou o brigadeiro Lima e Silva, auxiliado pela esquadra do almirante Cochrane. Abafada a revolução, os revoltosos foram condenados à morte, dentre eles frei Joaquim do Amor Divino Caneca, fuzilado a 13 de janeiro de 1825.

O Recife foi elevado a capital da província, por resolução do Conselho do Governo, de 15 de fevereiro de 1827. Em 20 de maio de 1833 foi criada a comarca do Recife. Em 02 de dezembro de 1838, assume o governo Francisco do Rego Barros, conde da Boa Vista, cuja administração realizou notáveis melhoramentos urbanos. A Lei Provincial nº 133, de 06 de maio de 1844, criou a freguesia de S. José do Recife, tendo por matriz a igreja de São José. A Lei Provincial nº 939, de 22 de junho de 1870, criou a freguesia de N. Senhora das Graças da Capunga. A Lei Municipal nº 1, de 06 de abril de 1892, confirmou a criação do distrito sede do município do Recife. A mesma lei criou os distritos de Afogados, Boa Vista, Encruzilhada, Graças, Poço da Panela, Santo Amaro, Santo Antônio, S. Frei Pedro Gonçalves, S. José e Várzea, integrados ao município do Recife.

Por decreto consistorial de 26 de julho de 1918 o papa Benedito XV elevou Recife a arcebispado unindo seu título ao de Olinda, elevando a igreja de S. Pedro dos Clérigos à dignidade de concatedral. Em divisão territorial datada de 31 de dezembro de 1937 o município é constituído de cinco distritos: Recife, Fernando de Noronha, Boa Vista, Afogados e Graças. O Decreto-lei federal nº 1.402, de 09 de fevereiro de 1942, desmembrou de Recife o distrito de Fernando de Noronha, o qual foi elevado à categoria de Território Federal.
Pela Constituição Federal de 1988 o território de Fernando de Noronha foi extinto e sua área reincorporada ao estado de Pernambuco, na condição de distrito estadual. Do ponto de vista jurídico constitui Distrito Judiciário Especial da Comarca do Recife, a qual, por ser a comarca da capital, a última da carreira, é a única de 3ª entrância. Em divisão territorial datada de 1º de junho de 1995 o município é constituído apenas pelo distrito sede, assim permanecendo na divisão territorial de 2005.