Segundo alguns historiadores, o desbravamento da região onde se acha encravado o município de Quipapá remonta ao período de 1630 a 1697, e foi realizado pelos negros que constituíram o Quilombo dos Palmares, um dos mais importantes redutos da resistência negra ao regime escravista. O quilombo, que chegou a opor resistência ao branco durante cerca de cem anos, localizava-se “... Desde as abas da serra da Barriga, município de Porto Calvo, nas Alagoas, até a região pernambucana que hoje forma os municípios de Quipapá, Palmares, Água Preta e Barreiros.” O desbravamento dessa região só se completou em 1795-96, quando o capitão Francisco Rodrigues de Melo e sua esposa, D. Ana Maria dos Prazeres, se instalaram na Fazenda das Panelas, que posteriormente originou o município de Panelas. A primitiva capela da localidade, de taipa, foi construída em 1805, dedicada ao culto de Nossa Senhora da Conceição, e criada como capela filial da freguesia de Altinho.

No dia 02 de março de 1820 a capela recebeu como doação de seus fundadores, para constituição do seu patrimônio, o sítio de terras denominado Quipapá, no termo da vila de Garanhuns, no valor de 200 mil réis. O padre Jerônimo de Brito Bezerra foi seu primeiro capelão. Nesse ano de 1820 começou a edificação da atual cidade de Quipapá, sendo as duas primeiras casas construídas por Antônio da Silva Lemos e Manoel Gregório de Souza. A partir de então o local começou a se povoar regularmente. Em 1827 o modesto templo já era “capela curada”, o que proporcionou à povoação de Quipapá sua elevação a distrito, por decreto de 15 de outubro desse mesmo ano, ainda pertencendo ao termo de Garanhuns.

Pela Lei Provincial nº 157, de 06 de abril de 1846, Quipapá passou a fazer parte da então criada freguesia do Senhor Bom Jesus de Panelas. Pela mesma lei, o território do distrito também foi anexado a essa nova freguesia. A capela de Nossa Senhora da Conceição de Quipapá foi elevada à condição de freguesia pela Lei Provincial nº 432, de 23 de junho de 1857. Essa lei também criou o distrito de Quipapá, subordinado ao município de Panelas. A freguesia de Nossa Senhora da Conceição de Quipapá foi instalada em novembro de 1859 pelo seu primeiro vigário, o padre Calixto Correia Nobre, nomeado pelo bispo D. João da Purificação Marques Perdigão. A freguesia foi extinta pela Lei Provincial nº 508, de 29 de maio de 1861.

A Lei Provincial nº 616, de 09 de maio de 1865, anexou a freguesia de Quipapá ao termo de Bonito, mas essa lei foi revogada pela Lei Provincial nº 720, de 20 de maio de 1867. Até o ano de 1871 Quipapá era termo da vila de São Bento (atual São Bento do Una), pertencente à comarca de Caruaru. De 1871 a 1873 foi termo da vila de Panelas, que também pertencia à comarca de Caruaru. A Lei Provincial nº 1.093, de 24 de maio de 1873, criou a comarca de Panelas, de 1ª entrância, e Quipapá passou a termo judiciário dessa nova comarca.

A Lei Provincial nº 1.402, de 12 de maio de 1879, criou a vila de Quipapá, desmembrada de Panelas, e elevou a freguesia de Quipapá a termo anexo à comarca de Panelas. A Câmara Municipal foi instalada em 18 de dezembro do mesmo ano. Instituído o regime republicano, Quipapá tornou-se sede da comarca de Panelas, em razão de portaria datada de 05 de março de 1890. O município de Quipapá foi constituído no dia 31 de dezembro de 1892, adquirindo autonomia legislativa, com base na Constituição Estadual e no art. 2º das disposições gerais da Lei Estadual nº 52 (Lei Orgânica dos Municípios), de 03 de agosto de 1892, promulgada durante o governo de Alexandre José Barbosa Lima. O primeiro prefeito eleito foi Antônio Roberto Moreira. Uma portaria de 08 de abril de 1894 deu autonomia judiciária a Quipapá, ficando Panelas também com organização independente. A Lei Municipal nº 34, de 20 de outubro de 1899, dividiu o município em seis distritos judiciários: Quipapá, São Benedito, Barra de Jangada, Jurema, Queimadas e Pau-Ferro.

A vila de Quipapá foi elevada à categoria de cidade, sede do município do mesmo nome, pela Lei Estadual nº 432, de 19 de maio de 1900. A comarca de Quipapá foi restaurada pela Lei Estadual nº 1.228, de 06 de junho de 1914. Os distritos de Jurema e Queimadas foram desmembrados de Quipapá pela Lei Estadual nº 1.931, de 11 de setembro de 1928, para formar o então criado município de Jurema. Em decorrência dessa mesma lei, também foi desmembrada uma parte do distrito de Barra de Jangada para formar o município de Maraial. A Lei Municipal nº 109, de 15 de dezembro de 1928, criou o distrito de São Sebastião da Barra, subordinado a Quipapá.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município aparece constituído de cinco distritos: Quipapá, Barra de Jangada, Pau-Ferro, São Benedito e São Sebastião da Barra. Pelo Decreto-lei Estadual nº 235, de 09 de dezembro de 1938, foi extinto o distrito de São Sebastião da Barra, cujo território foi anexado aos distritos de Quipapá e São Benedito. Pelo mesmo decreto o distrito de Barra de Jangada passou a denominar-se Igarapeba. No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943 o município aparece com quatro distritos: Quipapá, Igarapeba (ex-Barra de Jangada), Pau-Ferro e São Benedito. Pelo Decreto-lei Estadual nº 952, de 31 de dezembro de 1943, o distrito de São Benedito passou a denominar-se Iraci. A Lei Estadual nº 4.980, de 20 de dezembro de 1963, desmembrou de Quipapá os distritos de Iraci (ex-São Benedito) e Igarapeba, para formar o novo município de São Benedito do Sul. Em divisão territorial datada de 31 de dezembro de 1963 o município é formado pelos distritos de Quipapá e Pau-Ferro, assim permanecendo em divisão de 2005. O Decreto-lei Estadual nº 61, de 05 de agosto de 1969, classificou a comarca de Quipapá em 1ª entrância. Essa comarca engloba o termo judiciário de São Benedito do Sul.

A origem do topônimo Quipapá é controversa. Alguns autores lhe atribuem origem africana, sendo, nessa hipótese, corruptela de “quipacá” que quer dizer "asilo de fugitivos, refúgio, guarida ou couto de vagabundos", “numa reminiscência da híbrida república que, por tantos anos, ali se manteve”. Essa versão refere-se ao fato de a região ter sido ocupada pelo Quilombo dos Palmares. Outra versão relata que o nome do lugar foi dado pelo próprio líder dos Palmares: “numa das fugas dos seus perseguidores brancos, Zumbi parou para descansar no cume de uma serra onde predominava a vegetação rasteira e espinhosa, denominada quipá. O líder negro batizou o local de quipá-quipá, transformando o lugar em seu novo refúgio. O nome da cidade é então uma corruptela da denominação original”. Segundo outros autores, a palavra é de origem tupi-guarani, oriunda do quipá, uma planta da família das Cactáceas. Repetindo o vocábulo para indicar mais de um, ou abundância, os indígenas diriam “quipá-quipá”. Com a supressão de uma sílaba, resultou a palavra Quipapá.