Na época das capitanias hereditárias os donatários concediam lotes, em regime de sesmarias, para desenvolver a produtividade das terras. Em 1566, por uma carta de sesmaria lavrada na vila de Olinda, Duarte de Albuquerque Coelho (segundo donatário de Pernambuco, filho de Duarte Coelho Pereira) concedeu a Gaspar Alves de Pugas uma légua de terras situadas nas margens do rio Jaboatão, judicialmente demarcadas em 1575. Grande parte dessa sesmaria foi vendida, em 15 de setembro de 1573, a Fernão Soares, que, juntamente com seu irmão, Diogo Soares, construiu o Engenho Nossa Senhora da Assunção (posteriormente Suassuna), o qual começou a moer em 1587. Gaspar Alves de Pugas ainda ficou com uma grande parte da sesmaria, na qual construiu o Engenho São João Batista (atual Usina Bulhões), que já estava em atividade em 1575. Em 1584 esse engenho foi comprado por Pedro Dias da Fonseca, que nove anos depois o revendeu aos portugueses Bento Luiz de Figueiroa e sua mulher, D. Maria Feijó de Figueiroa, ambos naturais da cidade do Porto. A escritura pública foi lavrada na vila de Olinda, no dia 04 de maio de 1593, considerada a data simbólica da fundação de Jaboatão. Eles se estabeleceram como terceiros proprietários do engenho, nas terras onde hoje se localiza o município de Jaboatão dos Guararapes.

Às famílias que para ali afluíram, oriundas principalmente de Olinda e do Recife, Bento de Figueiroa doou terras para a construção de casas, na parte situada entre os rios Jaboatão e Duas Unas e na confluência dos mesmos, a título de aforamento perpétuo. A partir de então teve início o primeiro núcleo de população. Com o tempo, já desenvolvida a povoação, Bento de Figueiroa doou um terreno para erigir uma igreja, além de contribuir com donativos para a construção da mesma e terras para a constituição do seu patrimônio canônico. A igreja foi erguida sob a invocação de Santo Amaro e, em 1598, recebeu foros de paróquia. No mesmo ano foi criado um curato, por D. Antônio Barreiros, terceiro bispo do Brasil, anteriormente prior da Ordem de S. Bento de Avis; o curato foi provido em 1609. D. Maria Feijó de Figueiroa faleceu no dia 12 de novembro desse mesmo ano e foi sepultada na capela-mor da igreja matriz, atendendo ao pedido que constava em seu testamento.

Em 21 de outubro de 1633 a povoação foi invadida e saqueada por 700 holandeses, os quais foram repelidos pelas tropas comandadas pelo major Pedro Correia da Gama e pelo capitão Luiz Barbalho Bezerra. No município ocorreram dois fatos importantes da nossa história: as lutas contra o invasor holandês, travadas nos Montes Guararapes, nos dias 19 de abril de 1648 e 19 de fevereiro de 1649. No segundo desses combates saiu ferido Henrique Dias, que veio a falecer anos depois, em consequência dos golpes recebidos.

Em 20 de março de 1764, através de alvará, foi criado o distrito com a denominação de Jaboatão (desmembrado do Recife), o qual já apresentava sinais de progresso. Nessa época foi criada a freguesia, sob a invocação de Santo Amaro, sendo seu primeiro vigário o padre Adriano de Almeida.

A Lei Provincial nº 224, de 31 de agosto de 1848, dividiu a freguesia de Santo Amaro de Jaboatão em três distritos de paz. A Lei Provincial nº 1.093, de 21 de maio de 1873, elevou o povoado à categoria de vila, a qual foi instalada em 13 de novembro do mesmo ano. A mesma lei criou a comarca de Jaboatão, desmembrada da comarca do Recife. A nova comarca, formada pelas freguesias de Jaboatão e Muribeca, foi instalada em maio de 1874.

O seu primeiro juiz de Direito foi o desembargador honorário Dr. Henrique Pereira de Lucena (posteriormente barão de Lucena), ex-presidente da província. Essa comarca atualmente é classificada como de 2ª entrância.

A Lei Provincial nº 1.805, de 13 de junho de 1884, criou o município de Muribeca, formado pela freguesia de Nossa Senhora do Rosário da Muribeca e pelo distrito de paz de Boa Viagem, passando a termo judiciário integrado à comarca de Jaboatão. A sede do novo município foi a povoação de Muribeca, elevada à categoria de vila. A Lei Provincial nº 1.811, de 27 de junho de 1884, elevou a vila de Jaboatão à condição de cidade, com a mesma denominação. A mesma lei extinguiu o município de Muribeca e desmembrou o distrito de paz de Boa Viagem, o qual voltou a pertencer ao município do Recife.

O seu primeiro juiz de Direito foi o desembargador honorário Dr. Henrique Pereira de Lucena (posteriormente barão de Lucena), ex-presidente da província. Essa comarca atualmente é classificada como de 2ª entrância.

A Lei Provincial nº 1.805, de 13 de junho de 1884, criou o município de Muribeca, formado pela freguesia de Nossa Senhora do Rosário da Muribeca e pelo distrito de paz de Boa Viagem, passando a termo judiciário integrado à comarca de Jaboatão. A sede do novo município foi a povoação de Muribeca, elevada à categoria de vila. A Lei Provincial nº 1.811, de 27 de junho de 1884, elevou a vila de Jaboatão à condição de cidade, com a mesma denominação. A mesma lei extinguiu o município de Muribeca e desmembrou o distrito de paz de Boa Viagem, o qual voltou a pertencer ao município do Recife.

Em divisão territorial datada de 1º de julho de 1950, o município é constituído de três distritos: Jaboatão, Cavaleiro e Muribeca dos Guararapes. No dia 20 de dezembro de 1963 foram desmembrados Os distritos de Cavaleiro e Guararapes (ex-Muribeca dos Guararapes) foram elevados à categoria de município, desmembrados de Jaboatão, respectivamente pelas Leis Estaduais nº 4.992 e nº 4.964, de 20 de dezembro de 1963. Assim, em divisão territorial datada de 31 de dezembro de 1963 o município é formado apenas pelo distrito sede. Mas, por acórdão do Tribunal de Justiça, mandado de segurança nº 56.898, de 20 de julho de 1964, foi extinto o município de Guararapes, voltando seu território a pertencer ao município de Jaboatão, com a denominação de Muribeca dos Guararapes. Também por acórdão do Tribunal de Justiça, mandado de segurança nº 57.072, de 31 de agosto de 1964, foi extinto o município de Cavaleiro, cujo território foi reintegrado ao município de Jaboatão.

Pela Lei Estadual nº 4, de 05 de maio de 1989, o município passou a denominar-se Jaboatão dos Guararapes, em homenagem ao local das batalhas históricas, os Montes Guararapes. A mesma lei criou o distrito de Jaboatão, integrado ao município de Jaboatão dos Guararapes, e extinguiu o distrito de Muribeca dos Guararapes, cujo território passou a pertencer ao distrito sede. Em divisão territorial datada de 1º de junho de 1995, o município é constituído de três distritos: Jaboatão dos Guararapes (sede), Cavaleiro e Jaboatão, assim permanecendo em divisão de 2005. No dia 11 de janeiro de 2008 a Lei Complementar nº 2 criou mais dois distritos: Curado e Jardim Jordão.

A importância dos Montes Guararapes no contexto nacional é reconhecida desde o seu tombamento, em 1961. Ratificando o valor histórico do sítio onde foram travadas as duas batalhas (1648 e 1649), foi criado o Parque Histórico Nacional dos Guararapes (PHNG), homologado através do Decreto nº 68.527, de 19 de abril de 1971. O parque ocupa uma área de 224, 40 ha, desapropriada pela União desde 1965.
O topônimo Jaboatão é de origem indígena. Para alguns autores, deriva do vocábulo "jabotiatão": jaboti (uma espécie de cágado) e atam ou atã (andar), significando “andar devagar, andar como cágado”. Segundo Antenor Nascentes, o topônimo origina-se de “uma planta não identificada, que dá mastros para embarcação”. O nome dessa árvore, segundo Teodoro Sampaio, vem do tupi yapoa’tã, significando “o indivíduo linheiro, o tronco reto”. De acordo com Rodolfo Garcia: ya (o que tem), po ou bo (fibra) e an’tã (dura), significando “arbusto de fibra dura”. Quanto a "Guararapes", também de origem tupi, significa "som , estrondo ou estrépito" produzido por queda ou pancada , querendo aqui exprimir o rumor que fazem as águas caindo nas concavidades e cavernas daqueles montes.