A povoação da área do município de Ipojuca é bastante remota, tendo ocorrido através da doação de sesmarias. Os primeiros colonos se fixaram na região a partir de 1560, depois de expulsarem os caetés e outras tribos do litoral sul de Pernambuco. Entre as famílias que se estabeleceram inicialmente na várzea do Ipojuca mencionam-se: Lacerda, Cavalcanti, Rolim, Moura e Accioly. Contando com dois portos naturais (Suape e Porto de Galinhas) e inúmeros engenhos de açúcar, logo Ipojuca se consolidou como importante ponto do comércio colonial. Não se sabe a data exata da fundação do povoado, havendo uma referência a 1596. O topônimo vem do tupi-guarani yapó-yuc que significa “água escura, estagnada, podre, banhado de águas pútridas”. Resumindo, Ipojuca significa pântano.

O distrito foi criado anteriormente a 1608, com a denominação de Nossa Senhora do Ó de Ipojuca. Por ocasião da invasão holandesa, toda a região do atual município de Ipojuca já contava com muitos engenhos de açúcar, graças à fertilidade de suas terras, ricas em massapê.

Em 17 de julho de 1645 começou a luta em Ipojuca para a expulsão dos batavos, dirigida pelo capitão-mor Amador de Araújo que dispunha de apenas 16 homens armados. A luta teve início em decorrência de um incidente entre um judeu e um morador da localidade, aproveitando-se os habitantes desse fato para combater os invasores.

O destacamento holandês tentou manter a ordem , mas o povo , incentivado por Amador de Araújo , mesmo sem armas apropriadas , incendiou o quartel holandês e matou muitos soldados. Do Recife foi enviado um reforço holandês, comandado pelo coronel Haus. O encontro com as forças pernambucanas ocorreu no dia 23 de julho de 1645, no engenho Tabatinga. Nesse dia, os revoltosos de Ipojuca atacaram os holandeses numa emboscada, derrotando-os completamente. Em seguida, o capitão-mor Amador de Araújo e sua tropa marcharam até a Várzea, a fim de se juntar às forças de Fernandes Vieira. Posteriormente, tomaram parte no combate de Tabocas.

Por Alvará de 19 de agosto de 1811, a freguesia de Ipojuca passou a fazer parte do então criado termo da vila do Cabo de Santo Agostinho, que compreendia os distritos da própria freguesia do Cabo, além de Ipojuca e Escada. A Lei Provincial nº 203, de 26 de julho de 1848, transferiu a sede da freguesia de Ipojuca para a capela da povoação de Nossa Senhora do Ó, mas a Lei Provincial nº 256 , de 22 de maio de 1849 , fez retornar a sede da freguesia para a povoação de Ipojuca. A povoação de Nossa Senhora do Ó de Ipojuca foi elevada à categoria de vila pela Lei Provincial nº 499, de 29 de maio de 1861, a qual foi instalada em 18 de fevereiro de 1862. A Lei Provincial nº 587, de 09 de maio de 1864 , em seu artigo 1º , elevou a povoação de Ipojuca à categoria de vila e para lá transferiu a sede do termo do mesmo nome. A mesma lei, em seu artigo 2º, suprimiu a vila de Nossa Senhora do Ó.

A Lei Provincial nº 918, de 18 de maio de 1870, transferiu a sede da vila de Ipojuca para a povoação de Nossa Senhora do Ó, enquanto a Lei Provincial nº 937, da mesma data, transferiu a sede da freguesia de Ipojuca para a capela filial da povoação de Nossa Senhora do Ó. A Lei Provincial nº 1.334, de 18 de fevereiro de 1879, elevou a povoação de São Miguel de Ipojuca à categoria de vila e para ela transferiu a sede do termo do mesmo nome. A mesma lei suprimiu a vila de Nossa Senhora do Ó. A Lei Provincial nº 1.404, de 12 de maio de 1879, transferiu a sede da freguesia de Ipojuca, então no povoado de Nossa Senhora do Ó, para a vila de São Miguel de Ipojuca, servindo de matriz a igreja de Nossa Senhora do Livramento. A Lei Provincial nº 1.514, de 04 de agosto de 1880, restabeleceu a vila de Nossa Senhora do Ó de Ipojuca e para ela transferiu a sede do termo de igual nome; a mesma lei suprimiu a vila de São Miguel de Ipojuca.

Em 10 de junho de 1890 um decreto estadual criou a comarca de Ipojuca, desmembrada da comarca do Cabo. Seu primeiro juiz de Direito foi o Dr. Eduardo Correia da Silva, que a instalou em 09 de agosto do mesmo ano, na vila de Nossa Senhora do Ó, a qual voltou a ser sede do município pelo Decreto-lei Estadual nº 23, de O município de Ipojuca foi constituído no dia 28 de março de 1893, adquirindo autonomia legislativa, com base na Constituição Estadual e no art. 2º das disposições gerais da Lei Estadual nº 52 (Lei Orgânica dos Municípios), de 03 de agosto de 1892, promulgada durante o governo de Alexandre José Barbosa Lima. O primeiro prefeito republicano foi o tenentecoronel Antônio Luiz de Melo Marques. O distrito foi criado pela Lei Municipal nº 2, de 12 de novembro de 1895. A vila foi elevada à categoria de cidade, com a denominação de Ipojuca, sede do município do mesmo nome, através da Lei Estadual nº 173, de 06 de junho de 1896.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município aparece com três distritos: Ipojuca, Nossa Senhora do Ó de Ipojuca e São Miguel de Ipojuca. A Lei Municipal nº 5 , de 20 de abril de 1914 , criou o distrito de Santo Antônio da Camela , integrado ao município de Ipojuca. Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o município é constituído de três distritos: Ipojuca, Nossa Senhora do Ó e Santo Antônio da Camela, o qual teve sua denominação simplificada para Camela pelo Decreto-lei Estadual nº 235, de 09 de dezembro de 1938.

A comarca de Ipojuca foi extinta pelo Decreto-lei Estadual nº 116, de 21 de maio de 1938, passando a constituir termo da comarca do Cabo. A comarca foi restaurada pelo Decreto-lei Estadual nº 1.116, de 14 de fevereiro de 1945, que deu execução ao Decreto-lei Federal nº 1.202, de 08 de abril de 1939. Tornou-se comarca de 1ª entrância pelo Decreto-lei Estadual nº 61, de 05 de agosto de 1961. Atualmente é comarca de 2ª entrância.

Os distritos de Nossa Senhora do Ó e Camela foram desmembrados de Ipojuca e elevados à categoria de município, respectivamente pelas Leis Estaduais nº 4.979 e nº 4.947, de 20 de dezembro de 1963. Mas ambos foram extintos por acórdão do Tribunal de Justiça, mandado de segurança nº 56.906, de 06 de julho de 1964, sendo seus territórios reintegrados ao município de Ipojuca. Em divisão territorial datada de 1º de janeiro de 1979 o município é constituído de três distritos: Ipojuca, Camela e Nossa Senhora do Ó, assim permanecendo em divisão de 2005.