O local onde se situa o município de Afogados da Ingazeira teve origem em uma fazenda de criação de gado, denominada Barra da Passagem, porque o local era propício à ultrapassagem do rio Pajeú. A fazenda ficava à margem direita desse rio e pertencia a Manoel Francisco da Silva. Em 1836 esse fazendeiro fez construir uma capela em alvenaria, sob a invocação do Senhor Bom Jesus dos Remédios, a qual, posteriormente aumentada, tornou-se a matriz da cidade. Segundo a tradição popular, a denominação Afogados teve origem no episódio de afogamento de um casal que tentava atravessar o rio Pajeú, por ocasião de uma enchente. Levados pela correnteza, os dois morreram afogados. Os corpos só foram encontrados dias depois, muito abaixo do local do acidente, que, por algum tempo, ficou conhecido por Passagem dos Afogados. Com o tempo, a denominação de Passagem caiu em desuso, permanecendo apenas a de Afogados.

O início do desenvolvimento da localidade data de 1860, época em que começaram as edificações. A Lei Provincial nº 1.260, de 26 de maio de 1877, criou o termo de Afogados, integrando a comarca de Ingazeira, criada pela mesma lei.

Lei Provincial nº 1.403, do dia 12 de maio de 1879. Essa lei criou o distrito de Afogados e elevou a povoação à categoria de vila e sede da comarca de Ingazeira. A Lei Provincial nº 1.434, de 27 de maio de 1879, transferiu a freguesia de São José da Ingazeira para a vila de Afogados, com a denominação de freguesia do Senhor Bom Jesus dos Remédios, cuja matriz foi a capela já existente em Afogados, que tinha essa invocação. A Câmara de Afogados foi instalada em 07 de janeiro de 1881. A Lei Provincial nº 1.761, de 05 de junho de 1883, recriou a vila de Ingazeira, que voltou a sediar a comarca e a freguesia. Mas essa lei foi revogada pela Lei Provincial nº 1.827, de 28 de junho de 1884, que fez voltar a sede da freguesia para a vila de Afogados, permanecendo Ingazeira como sede da comarca (ver Aspectos Históricos de Ingazeira).

O distrito de Afogados foi confirmado pela Lei Municipal nº 01, de 16 de novembro de 1892. O município foi constituído em 21 de abril de 1893, adquirindo autonomia legislativa, com base na Constituição Estadual e no art. 2º das disposições gerais da Lei Estadual nº 52 (Lei Orgânica dos Municípios), de 03 de agosto de 1892, promulgada durante o governo de Alexandre José Barbosa Lima. Por força dessa lei o município foi dividido em quatro distritos: Afogados (sede), Ingazeira, Espírito Santo e Varas.

A Lei Estadual nº 991, de 1º de julho de 1909, elevou a sede do município à categoria de cidade, com a denominação alterada para Afogados da Ingazeira, devido ao fato de já existir no Recife uma freguesia com o nome de Afogados e, também, por haver pertencido administrativamente ao município de Ingazeira. Em divisão territorial referente ao ano de 1911 o município é constituído pelos distritos de Afogados da Ingazeira, Ingazeira, Espírito Santo e Varas. A Lei Municipal nº 22, de 25 de novembro de 1916, criou o distrito de Macacos, subordinado a Afogados da Ingazeira. Em 1933 o município aparece com cinco distritos: Afogados da Ingazeira, Espírito Santo, Varas, Jangada e Macacos, sem referência ao distrito de Ingazeira. A comarca de Afogados da Ingazeira foi restaurada pelo Decreto nº 305, de 13 de junho de 1934. As Leis Municipais nº 01, de 09 de fevereiro de 1937, e nº 03, de 10 de fevereiro de 1937, criaram os distritos de Bom Jesus e Solidão, respectivamente.

Em divisão datada de 31 de dezembro de 1937, o município aparece constituído por sete distritos: Afogados da Ingazeira, Ingazeira, Espírito Santo, Macacos, Varas, Bom Jesus e Solidão. O distrito de Espírito Santo teve sua denominação alterada para Tabira pelo Decreto-lei Estadual nº 92, de 31 de março de 1938. O Decreto-lei Estadual nº 235, de 09 de dezembro de 1938, confirmou a denominação de Afogados da Ingazeira e alterou as denominações dos distritos de Bom Jesus (para Tupã) e Varas (para Jabitacá). Segundo o anexo nº 1 desse mesmo decreto, Afogados da Ingazeira contava com os seguintes distritos: Afogados da Ingazeira, Ingazeira, Jabitacá (ex-Varas), Macacos (atual município de Iguaracy), Solidão (hoje município), Tabira (hoje município) e Tupã (ex-Bom Jesus, atual município de Tuparetama).

O distrito de Tupã passou a denominar-se Tuparetama pelo Decreto-lei Estadual nº 952, de 31 de dezembro de 1943, e o distrito de Macacos passou a denominar-se Iguaraci pela Lei Estadual nº 417, de 31 de dezembro de 1948. Nessa mesma data, a Lei Estadual nº 418 desmembrou de Afogados da Ingazeira os distritos de Tabira, Solidão, Tuparetama e Ingazeira, para formar o novo município de Tabira. Em 29 de março de 1949 foi inaugurada a Estação Ferroviária de Afogados da Ingazeira, e, em 15 de novembro do mesmo ano, foi inaugurada a linha férrea, ligando este município ao Recife.

Pela Lei Estadual nº 1.819, de 30 de dezembro de 1953, que dispõe sobre a divisão administrativa e judiciária para o quinquênio 1954-1958, o município contava com três distritos: Afogados da Ingazeira, Iguaraci e Jabitacá. A Lei Municipal nº 84, de 30 de janeiro de 1958, criou o distrito de Irajaí, subordinado a Afogados da Ingazeira. Em divisão territorial datada de 1º de julho de 1960, o município é constituído de quatro distritos: Afogados da Ingazeira, Iguaraci, Irajaí e Jabitacá. A Lei Estadual nº 4.954, de 20 de dezembro de 1963, desmembrou de Afogados da Ingazeira os distritos de Iguaraci, Jabitacá e Irajaí, para formar o novo município de Iguaracy (ex-Iguaraci), cuja grafia foi alterada por essa mesma lei.

Na divisão territorial datada de 31 de dezembro de 1963 o município é constituído apenas pelo distrito sede, assim permanecendo nas divisões de 2005 e 2010. A comarca de Afogados da Ingazeira é classificada como de 2ª entrância e engloba o termo judiciário de Iguaracy.